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Según el propio artículo 89, apartado 1, y la exposición de motivos de la Ley Cualificada de la Justicia, el CSJ, "como órgano de representación, gobierno y administración de la organización judicial, vela por la independencia y el buen funcionamiento de la justicia".

I. La misión de velar por la independencia

La justicia, como tercer poder, queda representada por el Consejo Superior de la Justicia, y en particular, por su presidente, en todos los actos públicos. Protocolariamente, el presidente del CSJA tiene que recibir el tratamiento debido al tercer personaje del Estado.
La misión de velar por la independencia de la Justicia implica dos vertientes: la independencia de los actos de justicia (1) y la independencia de los miembros de la Administración de Justicia (2).

1) La independencia de los actos de justicia

Los actos de la autoridad judicial disfrutan de un régimen particular que les permite sustraerse a la sujeción de cualquier autoridad y, en particular, de la autoridad política. La autoridad de cosa juzgada confiere a las decisiones judiciales fuerza de verdad legal. La tarea del CSJ es velar por el respeto de este principio.

2) La independencia de los miembros de la Administración de Justicia

En lo concerniente a los miembros, el principio de inamovibilidad de los magistrados queda consagrado en el artículo 85 de la Constitución, así como en los artículos 67 y 68 de la LCJ. La misión del CSJ es velar para que no haya interferencias de ningún tipo que puedan entorpecer dicho principio de inamovibilidad.

II. La misión de velar por el buen funcionamiento de la justicia

Dicha misión pasa también por lo dispuesto en el artículo 89, apartado 3, de la Constitución:
“El Consejo Superior de la Justicia nombra a los batlles (jueces) y magistrados, ejerce sobre ellos la función disciplinaria y promueve las condiciones para que la Administración de Justicia disponga de los medios apropiados para su buen funcionamiento.” Así, pues, es el responsable de la gestión de los recursos humanos (1), materiales y financieros (2) de la Administración de Justicia.

1) La gestión de los recursos humanos

Esta función incluye el reclutamiento de los batlles (jueces) y magistrados de la Administración de Justicia, es decir, la determinación de los puestos a proveer, con la ulterior selección de los candidatos, su nombramiento y la toma de juramento. El CSJ también asume el control formal de la actividad de los batlles (jueces), magistrados y otros funcionarios de la Administración de Justicia y, en particular, el control disciplinario.
Desde el primero de julio de 2004, después de la entrada en vigor de la Ley de la Función Pública de la Administración de Justicia, el CSJ dispone de una regulación propia de su régimen de función pública. De este modo, el CSJ, impulsando el contenido de la ley mencionada, dispone de los recursos humanos que garantizan la prestación del servicio público al ciudadano.

2) La gestión de los recursos materiales y financieros

La gestión de los recursos materiales de la Administración de Justicia incluye la gestión de los medios puramente materiales, como por ejemplo los locales, el mobiliario y equipos diversos.
La gestión de los recursos financieros puede desglosarse en dos operaciones: la elaboración del presupuesto general de la Administración de Justicia y el ulterior control de la correcta utilización de los medios financieros que otorga cada jurisdicción.